Parmi les malades du Covid-19 en France, combien sont vaccinés ?

De nombreuses études scientifiques ont prouvé l’efficacité des vaccins pour limiter les infections, les hospitalisations et les morts liées au SARS-CoV-2. C’est ce que martèle l’exécutif pour inciter les Français dans leur ensemble à se faire vacciner au plus tôt.

Invité au journal télévisé de TF1, mercredi 21 juillet, le premier ministre a par exemple insisté sur le fait que 96 % des 18 000 personnes infectées par le virus et dont le test a été confirmé la veille n’étaient pas vaccinées. Une statistique édifiante… et encore approximative, faute de recoupements automatiques opérationnels entre les différents fichiers destinés à lister les personnes vaccinées, contaminées ou qui ont succombé au Covid-19.

Ce pourcentage, qui provient d’une récente – et prudente – note de la direction de la recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques (Drees), concerne en effet un intervalle de temps (28 juin-4 juillet) distinct de celui évoqué par le premier ministre et est restreint aux seuls cas symptomatiques. De plus, le terme de « non vaccinés » englobe toutes les personnes n’ayant pas bénéficié d’un schéma vaccinal complet.

Manque d’indicateurs exhaustifs

Olivier Véran avait fait une confusion analogue en affirmant le 13 juillet que « dans 30 gros hôpitaux, 100 % des patients récemment admis en réanimation n’[étaient] pas vaccinés », sans que le ministère de la santé, ainsi que le relate Libération, ait transmis les données en valeur absolue correspondant à ces chiffres, ni la période concernée.

Ces imprécisions reflètent le manque, à ce jour, d’indicateurs exhaustifs, publics et régulièrement mis à jour permettant de connaître le nombre de patients vaccinés parmi les personnes déclarées positives au SARS-CoV-2 et parmi celles hospitalisées pour Covid-19 en France.

Trois fichiers

Depuis le début de la crise sanitaire il y a un an et demi, trois fichiers – entre autres – permettent d’avoir une idée de la situation :

– SI-VIC, qui recense les personnes hospitalisées, en réanimation, ou mortes en lien avec le Covid-19 ;

– SI-DEP, qui recense les tests virologiques dits « RT-PCR » et les tests antigéniques pratiqués ainsi que leurs résultats, positifs ou négatifs ;

– VAC-SI, qui retrace toutes les injections de vaccins.

Or ces systèmes d’information ne sont pas reliés entre eux. Ainsi, difficile de savoir automatiquement si des personnes infectées, hospitalisées ou mortes ont été dûment vaccinées. Il était en conséquence difficile d’en tirer des statistiques globales. Dans son avis du 6 mai 2021, le conseil scientifique qualifiait ce croisement de fichiers comme une « priorité ».

« Un croisement des bases difficile »

Interrogée à plusieurs reprises sur le sujet lors de ses points presse hebdomadaires, l’agence Santé publique France (SPF) évoquait à la même période « un travail en cours » compliqué par des « contraintes réglementaires » et un « croisement des bases difficile ». Il fallait s’assurer d’identifier comme une seule et même personne un patient présent dans plusieurs systèmes d’information : « Il faut que le taux d’appariement soit extrêmement élevé. »

Au début de l’été, un identifiant commun aux différentes bases de données utilisées a été créé pour faciliter le recoupement, a fait savoir SPF à 20 Minutes. Interrogée à ce propos et sur le calendrier de déploiement, l’agence n’a pas donné suite. Questionné à l’Assemblée nationale après la publication d’une première version de cet article, le secrétaire d’Etat chargé de la transition numérique, Cédric O, a annoncé qu’un croisement entre les données d’hospitalisation et de vaccination serait disponible « d’ici quelques jours ».

Une analyse avec nuance

Concernant les tests virologiques, SPF a publié début juillet des estimations sur l’efficacité de la vaccination pour prévenir les formes symptomatiques chez les plus de 50 ans. En outre, la note de la Drees mentionnée plus haut exploite un « appariement entre les données de SI-DEP et VAC-SI » sur la seule période du 28 juin au 4 juillet : « Seuls 6 % des nouveaux tests positifs concernent des personnes complètement vaccinées, alors qu’à la même date 32 % de l’ensemble de la population française est complètement vaccinée. »

Une faible proportion qui doit cependant, rappelle l’organisme public, être analysée avec nuance : les patients non vaccinés sont surreprésentés parmi les personnes se faisant tester, et la mise en place progressive du passe sanitaire – qui leur impose un test pour pouvoir accéder à un grand nombre de lieux du quotidien – pourrait encore accentuer ce phénomène. Des facteurs qui, selon la Drees, « montrent bien qu’il n’est pas possible d’estimer précisément l’efficacité vaccinale via de simples statistiques descriptives ».